Ao mesmo tempo que Junot se via prejudicado pelo facto de grande parte das suas tropas tardarem em chegar a Portugal, um assunto de não menor importância embaraçava sobremaneira o Governador em Chefe do Exército invasor: a administração das finanças e dos víveres. Portugal, país relativamente pobre e endividado, tinha sido "saqueado" pela corte antes da sua partida para o Brasil (segundo o próprio Junot, tais riquezas estariam avaliadas em 150 milhões de cruzados [Diário da I Invasão Francesa, p. 107]). Sem dinheiro nos cofres régios, as medidas de Junot tornavam-se difíceis, para não dizer impossíveis. A fuga da corte tinha deixado atrás de si apenas algum pouco dinheiro de contado, jóias e "bens fundiários, casas e algum mobiliário" [Diário da I Invasão Francesa, p. 110]... Mas como convertê-los em dinheiro, se cerca de 2/3 deste tinha embarcado para o Brasil? Junot via-se bastante atrapalhado a este respeito, como se denota, entre muitas outras, logo na primeira carta conhecida que escreveu ao Imperador durante a sua permanência em Lisboa.
Era necessário, pelo menos num primeiro momento (relembre-se que o exército invasor se apresentara como amigo), continuar-se a pagar altas rendas à nobreza, aos membros da Regência, a todo o exército português e, enfim, a todos os cargos que continuavam a gerir o país. Para além do mais, havia que alimentar e pagar todos os soldados invasores, incluindo os espanhóis. Um número que, a ser completado como se previa na Convenção secreta anexa ao Tratado de Fontainebleau, ascenderia a 55.000 homens. A própria esquadra russa ancorada no Tejo, apesar de se manter numa "impassível neutralidade", privava Junot de cerca de 8.000 rações diárias [Diário da I Invasão Francesa, p. 107]...
Não foi por acaso que logo no dia 6 de Dezembro Junot escreveu a Napoleão acerca da reorganização do Exército português. Era fundamental que se concedessem licenças não só a todos os soldados casados, mas também a todos os que as pedissem, escusando assim de se manter parte da população armada; mas por tudo o já visto, não era menos importante para Junot ficar livre de alimentar mais bocas que as estritamente necessárias.
O General Junot, segundo litografia de Victor Adam