Enquanto a 1.ª Divisão do Corpo de Observação da Gironda ia ocupando os fortes e castelos da zona de Lisboa, no dia 4 de Dezembro, chegava a Lisboa a 2.ª Divisão, comandada pelo General Loison (o Maneta). Junot ordenou que um Batalhão desta Divisão fosse ocupar Mafra, um Regimento fosse enviado para Peniche, enquanto o resto ficaria reunido em Torres Vedras.
No dia 5 começaram a chegar as forças da 3.ª Divisão, embora bastante desfalcadas: dos 12.600 homens com que esta se compunha, apenas tinham chegado cerca de 3.500, que por esse motivo foram aboletados perto de Lisboa... É certo que, como o próprio Junot assumia então, em carta a Napoleão, "as outras Divisões estão consideravelmente debilitadas; quando a Cavalaria chegar, o meu Exército não terá mais de 15.000 homens, e será preciso muito tempo para lhe reunir os homens que ficaram retidos nos hospitais; dizem os médicos que, depois da marcha que fizemos, pelo menos um terço das tropas irá para os hospitais e que vamos ter muitas febres pútridas; para obviar de algum modo a esse inconveniente, vou mandar aumentar em um quarto a ração de vinho durante os dois primeiros meses. Espero salvar alguns com isso" (Junot, Diário da I Invasão Francesa, p. 111).
Principais pontos de ocupação francesa na península de Lisboa,
no início de Dezembro de 1808
Perante este cenário, Junot vê-se obrigado a não poder dispensar nos primeiros momentos o Exército português, que deveria constar, segundo os seus cálculos, de certa de 12.000 efectivos. Não só os franceses aparentavam vir como amigos, como Junot tinha receio de um eventual desembarque dos ingleses na costa portuguesa (logo no dia 1, quando o Exército francês dispunha de fraquíssimos recursos, chegaram aos ouvidos do dito General boatos de que tal ocorrera em Peniche), sendo por isso perfeitamente justificável que se conservassem os militares portugueses, único auxílio possível em caso de se efectuar realmente uma tentativa de invasão inglesa.
No dia 6 de Dezembro, era a vez de chegar a Cavalaria francesa, mas dos 3.000 cavalos que partiram de Bayonne não chegaram mil a Lisboa... Junot não tinha outro remédio senão ter de retirar à Cavalaria portuguesa o que faltava para completar este desfalque.
Por outro lado, Junot voltava a expor ao Imperador francês o estado miserável em que estas tropas iam chegando: "O vestuário que em Bayonne era muito bonito está em Lisboa completamente inutilizado. [...] A artilharia merece elogios particulares pela maneira como se comportou no caminho e pelas dificuldades que teve para conduzir as suas peças nos horríveis caminhos que nós percorremos. Todo o seu fardamento está em farrapos" (id., pp. 114-115).
Não era por acaso que Junot propunha a Napoleão um novo trajecto da França para Portugal ("aquele [caminho] por onde nós viemos é muito mais longo e apresenta infinitamente mais dificuldades, não digo hoje, porque está impraticável, mas para o tornar praticável depois" [id., p. 113]): em vez das tropas francesas entrarem pela Beira Baixa, como até aí tinham feito, deveriam começar a passar a fronteira junto a Almeida, em direcção a Viseu e Coimbra: 
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